ความสามารถในการซึมผ่านของไมโครไพล์มีความสัมพันธ์โดยตรงกับความทนทานของไมโครไพล์ ความสามารถในการซึมผ่านของคอนกรีตจะน้อยลง การซึมผ่านจะทำให้คอนกรีตเสี่ยงต่อการถูกโจมตีจากสื่อภายนอก สื่อเหล่านี้ ได้แก่ น้ำสารเคมีซัลเฟตและอื่น ๆ สื่อภายนอกเหล่านี้เมื่อสามารถเจาะคอนกรีตจะทำให้อายุการใช้งานของโครงสร้างคอนกรีตลดลง ตัวอย่างเช่นน้ำอาจทำให้เกิดการกัดกร่อนของเหล็กเส้นเสริมแรงในคอนกรีต ความสามารถในการซึมผ่านของคอนกรีตช่วยลดความต้านทานของคอนกรีตลงสู่การแข็งตัวของน้ำแข็ง ดังนั้นการซึมผ่านเป็นลักษณะสำคัญที่จะต้องประสบความสำเร็จในการประยุกต์ใช้งานใด ๆ

การซึมผ่านเกิดขึ้นในไมโครไพล์แข็งตัวในสองสถานการณ์

ประการแรกจากช่องอากาศที่ถูกขังอยู่จากการอัดตัวที่ไม่สมบูรณ์และประการที่สองจากพื้นที่ว่างเนื่องจากการสูญเสียน้ำผสมโดยการระเหย ในทั้งสองสถานการณ์เนื้อที่อากาศไม่ดีต่อความทนทานของไมโครไพล์ ดังนั้นจึงเป็นสิ่งสำคัญมากที่จะทำให้คอนกรีตที่วางอยู่ในแบบฟอร์มได้รับการบดอัดที่เหมาะสมและเพียงพอ ผู้รับเหมาบางรายอาจเติมน้ำให้กับคอนกรีตผสมคอนกรีตเพื่อให้สามารถใช้งานได้ในสถานที่ การปฏิบัตินี้จะไม่ได้รับอนุญาตเลยไม่ว่าด้วยเหตุผลใดก็ตาม

ด้วยการพัฒนาเทคโนโลยีไมโครไพล์อย่างมากขณะนี้จึงเป็นไปได้ที่จะทำคอนกรีตโดยไม่จำเป็นต้องกระชับ หรืออย่างน้อยที่สุดด้วยการบดอัดขั้นต่ำ) ไมโครไพล์ประเภทนี้เรียกว่าคอนกรีตอัดตัวเองซึ่งเป็นชื่อเสียงที่มีความสามารถในการกระชับด้วยตัวเอง สร้างคอนกรีตที่อัดแน่นและมีความหนาแน่นสูงมาก จึงส่งผลให้มีการซึมผ่านต่ำ

ไมโครไพล์เนื่องจากการสูญเสียน้ำผสมเป็นหนึ่งในสาเหตุ

ของความสามารถในการซึมผ่านที่ดีเยี่ยมเพียงแค่เพิ่มน้ำให้คอนกรีตจะทำให้เกิดช่องว่างอากาศมากขึ้นหลังจากการระเหยกลายเป็นไอระเหย ดังนั้นหากไมโครไพล์ใด ๆ ที่มีความรั่วซึมอัตราส่วนน้ำซีเมนต์จะต่ำที่สุดเท่าที่จะเป็นไปได้ ตามที่สถาบันคอนกรีตอเมริกันสำหรับคอนกรีตที่สัมผัสกับน้ำจืดปูนซีเมนต์น้ำสูงสุดต้องไม่เกิน 0.48 ในขณะที่ค่านี้ต้องน้อยกว่า 0.44 ถ้าคอนกรีตสัมผัสกับน้ำทะเล

นอกจากการอัดแน่นและการสูญเสียน้ำผสมแล้วยังมีอีกหลายปัจจัยที่ส่งผลต่อความสามารถในการซึมผ่านของคอนกรีต เมื่ออายุของเสาเข็มไมโครไพล์เพิ่มขึ้นการซึมผ่านจะลดลง เนื่องจากคอนกรีตเป็นวัสดุที่จะให้ความชุ่มชื้นต่อไปในระยะเวลานานตราบใดที่ยังมีปูนขาวที่ไม่ผ่านการชุบน้ำ ดังนั้นด้วยการปรากฏตัวของน้ำผลิตภัณฑ์ไฮเดรตจะเติมช่องว่างในเมทริกซ์ อีกประการหนึ่งที่ช่วยเพิ่มความสามารถในการซึมผ่านคือความละเอียดของซีเมนต์ อนุภาคปูนซีเมนต์ละเอียดจะชุ่มชื้นได้เร็วขึ้นมาก จึงสร้างคอนกรีตที่ไม่สามารถผ่านได้เร็วขึ้น